水質檢測中有一個特殊問題，那就是收集大量樣品相關的復雜性，對于大多數分析人員來說，這種復雜性是無法避免的，而且對于各種因素也無法精確控制，因此采用常規的方法來分析水質有一定的局限性。尤其是需要長期來分析或監控某個區域的水質情況時，目前應對這種問題的最好方式是采用在線式的水質監測系統，雖然在安裝和調試方面它的程序要復雜的多，但相對應的它也有很多優勢。
1.擁有良好的計算性能，協調并執行已建立的水質分析方案，取而代以往的手動檢測過程。
2.對所有監測計劃可以進行合并，從而避免重復分析，節省資源和檢測時間， 而且可以保證每個人都能夠有效的監督和分析。
3.在線獲取有關注冊水質監測的信息程序是可能的。 所提供的信息包括： 確定水質監測的數量，類型和性質 由該部門執行或為該部門執行的方案。確定監測計劃時間表; 該計劃的所有者是誰，誰負責接受該計劃樣本， 監測點位于哪里， 每個監測點的水質是否出現變化， 監控程序需要多長時間才能運行 樣本必須送至哪個實驗室進行分析。 每個樣品的具體分析時間表。
4.樣品和結果自動登記。 所有的分析都受到了 標準的質量控制程序，然后存儲在一個集成的數據庫 從中可以訪問相關的資源質量數據。
5.可以增加審計監督和分析的有效性，一旦發現問題能夠及時采取糾正措施。
6.監測管理信息可以連接到水網，并且 在空間上與相關的流域特征和資源相關聯 質量目標。
7.可以對分析結果用于評估和解釋。 標準報告和統計工具可用于協助解釋。
8.能夠對所有水質情況建立一個綜合的數據庫方便查詢。
對于一些大型的企業或者是相關部門，采用在線的監控方式要方便很多，但在維護方面要多加注意，因為在線監測設備的安裝環境相對來說比較復雜，所以分析人員要定期對各個點進行檢查維護。