細菌總數是指1mL水樣在營養瓊脂培養基中，經37℃、24h培養后所生長的菌落數。計量單位一般是每mL水中所含有的總菌數。水中的細菌總數往往同水體受到有機物污染的程度有關，是評價水質污染程度和對人體可能造成傷害的重要指標之一。
細菌總數的分析方法采用標準平皿法對水樣中的細菌記數，這是一種測定水中好氧和兼性厭氧的異養菌密度的方法。但由于沒有任何一種營養基或任一環境條件能滿足一個水樣中所有細菌的生理要求，而且水中細菌能以單獨個體、成對、鏈狀、成簇或成團的形式存在，所以測得的菌落數實際上要低于被測水樣中真正存活的細菌數目。
用無菌操作法吸取1mL水樣或2～3個適宜稀釋倍數的稀釋水樣，注入滅菌平皿中，再傾注15mL營養瓊脂培養基并與水樣充分混勻，每個水樣做兩個平行樣，另外每次檢驗還要做只傾注營養瓊脂培養基的空白對照。
培養之后，應立即進行平皿菌落計數。如果計數必須暫緩進行，可將平皿存放于5～10℃的環境下，但不能超過24h，而且也不可以將這種做法當作常規的操作方式。
對平皿菌落計數時，可用肉眼觀察，為防止遺漏，必要時應用放大鏡檢查。對那些看來相似、距離相近但并不相觸的菌落，只要其距離小于最小菌落的直徑，就應當分別予以計數。對那些緊密接觸但外觀(形態或顏色)有差異的菌落也要分別予以計數。
在求同一稀釋度的平均菌落數時，如果其中一個平皿有較大片狀菌落生長時，則不宜采用，而應以無片狀菌落生長的平皿作為該稀釋度的菌落數。如果片狀菌落不到平皿的一半、而其余部分菌落的分布又很均勻時，則可以將生長均勻的1/2平皿菌落計數后乘以2代表全皿菌落數。
細菌總數的測定結果是以每個平皿菌落總數或同一稀釋度平行實驗平皿的平均菌落數乘以稀釋倍數。當最終結果在100以內時按實際菌落數記錄結果;大于100時，采用兩位有效數字，用10的指數來表示，如果菌落數無法計數，在報告結果時要注明稀釋倍數。