水是微生物廣泛分不布的天然環境，不論是地表水或地下水，甚至雨水或雪水，都含有多種微生物。當水體受到人、畜糞使、生活污水或某些工業廢水污染時，水中微生物的數量可大量增加。因此，城市污水廠出水的細菌學測定，特別是腸道細菌的檢驗，在環境質量評價、環境衛生監督等方面具有重要的意義。但是，在直接檢查水中各種病原微生物，方法較復雜，有的難度大，而且檢查結果為陰性也不能保證絕對安全。

  所以，在實際工作中經常以檢查水的細菌總數，特別是檢查作為糞便污染的指示菌，來間接判斷水體污染狀況。水中含有細菌總數與水污染狀況有一定的關系，但是不能直接說明是否有病原微生物存在。糞便污染指示菌一般是指如有該指示細菌存在于水體中，即表示水體曾有過糞便污染，也就有可能存在腸道病原微生物。那么該水反在衛生學上是不安全的。

  1.細菌總數

  細菌總數是指lmL水中所含有各種細菌的總數。反映水所受細菌污染程度的指標。

  在水質分析中，是把一定量水接種于瓊脂培養基中，在37℃條件下培養24小時后，數出生長的細菌菌落數，然后計算出每毫升水中所含的細菌數。

  細菌總數測定是測定水中好氧菌、兼性厭氧菌和厭氧菌密度的方法。因為細菌能以單獨個體、成雙成對、鏈狀、成簇等形式存在，而且沒有任們單獨一種培養基能滿足一個水樣中所有細菌的生理要求。所以，由此法所得的菌落可能要低于真正存在的活細菌總數。

  2.大腸菌數

  大腸菌數是指1L水中所含大腸菌個數。大腸菌本身雖非致病菌，但由于大腸菌在外部環境中的生存條件與腸道傳染病的細菌、寄生蟲卵相似，而且大腸菌的數量多，比較容易檢驗，所以把大腸菌數作為生物指標。比較常見的病原微生物有傷寒、肝炎病毒、腺病毒等，同時也存在某些寄生蟲。

  總大腸菌群的檢驗方法中，多管發酵法可適用于各種水樣(包括底泥)，但操作較繁需要時間較長;濾膜法主要適用于雜質較少的水樣，操作簡單快速。

  如果是使用濾膜法，則總大腸菌群可重新定義為:聽有能在含乳糖的遠騰氏培養基上，于37℃，24h之內生比出帶有金屬光澤暗色萄落的、需氧的和兼性厭氧的革蘭氏陰性無芽孢桿菌。另外，除了應該重視在出水中進行微生物的監測外，其實在運行過程注重對微生物的監測是十分必要的。例如，污水處理廠進行污泥的鏡檢，主要就是觀察生物相的形狀、組成等，通過定期的鏡檢，可以判斷運行設施的正常工作與否，甚至可以提前預防一些異常現象，如：如果通過檢驗，發現污泥中有絲狀菌增殖加快的趨勢，就可以采取一定的措施，將可能發生的活性污泥絲狀菌膨脹消滅在萌芽狀態，有效的保證污水廠的運行，保證出水達到要求。

  綜上所述，如果要想保證正常運行，其根本保證。來源于科學有效的運行管理。從中，對于污水廠的運行指標的定期、準確的監測，并對獲得的數據進行分析、統計，從而指導污水廠運行則是污水廠工作的根本。